データセット詳細

SSBD: Meta-information of quantitative data and microscopy images

Meta-information of quantitative data and datasets of microscopy images provided from SSBD database

データセット仕様

タグ	Cell Organism Other biomolecule Image/Movie Gene expression Others
提供元	Original
登録区分	Submitted
データ提供者
作成者	Yukako TohsatoOsaka Electro-Communication University, Department of Engineering Informatics Koji KyodaRIKEN Quantitative Biology Center, Laboratory for Developmental Dynamics Kenneth H. L. HoRIKEN Quantitative Biology Center, Laboratory for Developmental Dynamics Shuichi OnamiRIKEN Quantitative Biology Center, Laboratory for Developmental Dynamics
公開日	2018-03-24
ライセンス	Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.1 Japan (CC BY-SA 2.1 JP)
バージョン	SSBD31_20171218 release 20180324
ダウンロード	https://rdfportal.org/download/ssbd
SPARQLエンドポイント	https://rdfportal.org/primary/sparql

データセット統計

Triples: 40300

Subjects: 6644

Properties: 33

Objects: 9329

Classes: 15

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行

PREFIX ssbd: <http://metadb.riken.jp/db/SSBD/>
PREFIX obo:  <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
SELECT ?s ?desc
FROM <http://metadb.riken.jp/db/SSBD>
WHERE
{
  ?s obo:RO_0002162 obo:NCBITaxon_10090 . # mouse
  ?s dcterms:description ?desc .
}

例 2

エンドポイントで実行

PREFIX ssbd: <http://metadb.riken.jp/db/SSBD/>
PREFIX obo:  <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX ssbdo: <http://metadb.riken.jp/ontology/SSBD/>
SELECT ?s ?desc
FROM <http://metadb.riken.jp/db/SSBD>
WHERE
{
  ?s obo:RO_0002162 obo:NCBITaxon_6239 . # C. elegans
  ?s ssbdo:inBiologicalProcess obo:GO_0035046 . # pronuclear migration
  ?s ssbdo:basedOn ?text FILTER regex(?text, "simulation", "i") .
  ?s dcterms:description ?desc .
}

例 3

エンドポイントで実行

PREFIX ssbd: <http://metadb.riken.jp/db/SSBD/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
SELECT ?s ?desc
FROM <http://metadb.riken.jp/db/SSBD>
WHERE
{
  ?s dcterms:references ?text FILTER regex(?text, "23172286", "i") .
  ?s dcterms:description ?desc .
}

スキーマ図