MCP interface

MCP インターフェース（TogoMCP）

TogoMCP は、DBCLS が開発した Model Context Protocol（MCP）サ ーバーです。LLMベースのAIエージェントが、RDF Portal に収録されている幅広いライフサイエンスデータベースにシームレスにアクセスできるようにします。

TogoMCP を通じて、Claude、ChatGPT、Gemini などのAI利用者は、SPARQLやデータベース固有のスキーマの知識がなくても、自然言語を使って複雑な生物学データを検索、探索、統合しやすくなります。

MCP サーバーエンドポイント: https://togomcp.rdfportal.org/mcp

主な特徴

  • マルチデータベースアクセス — UniProt、PubChem、ChEMBL、PDB、Reactome、ClinVar をはじめとする20以上の統合データベースから、タンパク質、遺伝子、化学物質、疾患、パスウェイなどを単一のMCPエンドポイントで検索できます。
  • SPARQL・RDFベース — セマンティックWeb技術に基づいて構築されています。TogoMCP は RDF Portal の SPARQL エンドポイントに対するクエリ生成を容易にすることで、データセット間の豊富な相互参照を活用した正確で構造化されたデータの取得を可能にします。
  • ID変換 — TogoID を活用し、65以上の生物学データベース間で 識別子を変換します。セマンティックな関係アノテーション付きのカテゴリ横断変換（例：疾患ID → 遺伝子ID）にも対応しています。
  • AI対応 — AIエージェントからの利用を前提に設計されています。Claude Desktop、ChatGPT、Gemini CLI を始めとするリモートMCPサーバーにアクセス可能なモデルであれば利用可能です。バイオインフォマティクスの専門知識は不要で、自然言語でデータを探索できます。

利用可能なツール

TogoMCP は、以下のカテゴリに整理された豊富なツールセットを提供しています。

  • データベース・情報 — 利用可能なデータベースの一覧表示、メタデータスキーマ（ShEx）の 取得、SPARQLサンプルクエリ、名前付きグラフの確認。
  • キーワード検索 — UniProt、ChEMBL（分子・ターゲット）、PDB、Reactome、Rhea、MeSH をキーワードで検索。
  • SPARQLクエリ — ポータル内の任意のRDFデータベースに対してカスタムSPARQLクエリを実行。
  • ID変換（TogoID） — データベース間の識別子変換・検索、利用可能な変換ルートの確認。
  • NCBI E-utilities — NCBIデータベース（Gene、Taxonomy、ClinVar、MedGen、PubMed、PubChem）のレコード検索・要約・取得。
  • PubChem固有 — 化合物IDの検索、詳細な分子記述子の取得。

利用方法

TogoMCP は、数ステップでAIアシスタントに接続できます。Claude Desktop、ChatGPT、Gemini CLI のセットアップガイドが用意されています。

詳しいセットアップ手順、利用例、利用可能なデータベースとツールの完全なリスト、および補完的なMCPサーバーの情報については、TogoMCP ウェブサイト をご覧ください。

ソースコードはGitHubで公開されています: dbcls/togomcp