データセット詳細

Orthologous MAtrix (OMA) RDF

OMA（Orthologous MAtrix）プロジェクトは、完全ゲノム間のオーソログを推定するための手法およびデータベースです。OMA RDFは、OMAデータベースをRDF形式にしたものです。

データセット仕様

タグ	Genome Gene Phylogeny/Classification
提供元	Original
登録区分	Added by RDF portal
データ提供者	SIB Swiss Institute of Bioinformatics
作成者	Adrian M. AltenhoffSIB Swiss Institute of Bioinformatics Christophe DessimozSIB Swiss Institute of Bioinformatics Tarcisio Mendes de FariasSIB Swiss Institute of Bioinformatics
公開日	2024-07-30
ライセンス	Creative Commons Attribution 4.0 International
バージョン	Jul2024
ダウンロード	https://rdfportal.org/download/oma
SPARQLエンドポイント	https://rdfportal.org/sib/sparql

データセット統計

Triples: 584249484

Subjects: 137419193

Properties: 36

Objects: 334832200

Classes: 25

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行

# Endpoint: https://sparql.omabrowser.org/sparql/
# Description: Get ortholog cluster members

PREFIX orth: <http://purl.org/net/orth#>
PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/>

SELECT ?cluster_id ?protein_id
FROM <http://omabrowser.org/graph>
WHERE {
    ?ClusterOfOrthologs a orth:OrthologsCluster ;
        dct:identifier ?cluster_id ;
        orth:hasHomologousMember / dct:identifier ?protein_id .
}
LIMIT 100

スキーマ図