データセット詳細

Dataset of NBRC bioresource

NBRCバイオリソースのデータセットは、NBRC（NITE Biological Resource Center）が維持・管理し、提供している微生物に関するデータセットです。

データセット仕様

タグ	Organism Cell Bioresource
提供元	Original
登録区分	Submitted
データ提供者	National Institute of Technology and Evaluation
作成者	大塚梨沙National Institute of Technology and Evaluation 横田彩乃National Institute of Technology and Evaluation 外立貴宏National Institute of Technology and Evaluation 八塚茂National Institute of Technology and Evaluation 市川夏子National Institute of Technology and Evaluation
公開日	2025-12-25
ライセンス	Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.1 Japan (CC BY-SA 2.1 JP) Dataset of NBRC bioresource (C) NITE NBRC licensed under CC Attribution-ShareAlike 2.1 Japan
バージョン	release_20251225
ダウンロード	https://rdfportal.org/download/nbrc
SPARQLエンドポイント	https://rdfportal.org/primary/sparql

データセット統計

Triples: 982005

Subjects: 195807

Properties: 18

Objects: 378099

Classes: 9

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行

# Get NBRC microbial strains sampled from soil.

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/10/mccv#>
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

select ?strain ?name ?meo ?meo_label
where {
?strain mccv:MCCV_000012 ?name .
?strain mccv:MCCV_000028 ?sample .
    ?sample mccv:MCCV_000072 ?habitat .
    ?habitat sio:SIO_000008 ?meo .
    ?meo rdfs:subClassOf meo:MEO_0000007 .
    ?meo rdfs:label ?meo_label
} LIMIT 100

例 2

エンドポイントで実行

# Get NBRC microbial strains with the growth temperature larger than 55.0.

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/10/mccv#>
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/10/mpo/> 
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> 
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

select ?strain ?label ?temperature
where {
	?strain skos:prefLabel ?label.
    ?strain sio:SIO_000216 ?measurement_value.
    ?measurement_value sio:SIO_000221 obo:UO_0000027.
    ?measurement_value sio:SIO_000300 ?temperature.
	 FILTER(?temperature > 55)
	MINUS{
	    ?measurement_value rdf:type mpo:MPO_00104.
	}
} LIMIT 100

スキーマ図