データセット詳細

Mouse Chromosome Ontology (MCO)

Mouse Chromosome Ontology（MCO）は、マウス参照ゲノムの各バージョンにおける染色体を意味的に識別するための、シンプルで安定したURIを提供するオントロジーです。MCOを用いることで、RDFデータにおいて染色体レベルのゲノム位置を参照ゲノムのバージョンに応じて一貫して記述できます。

データセット仕様

タグ	Ontology/Terminology/Nomenclature
提供元	Original
登録区分	Submitted
データ提供者	情報・システム研究機構国立遺伝学研究所バイオデータ研究拠点 (BSI) ライフサイエンス統合データベース部門 (DBCLS)
作成者	片山俊明国立遺伝学研究所
公開日	2024-09-13
ライセンス	Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) Database Center for Life Science
バージョン	2024-09-13
ダウンロード	/website/ja/download/#mco
SPARQLエンドポイント	https://rdfportal.org/primary/sparql

データセット統計

Triples: 466

Subjects: 77

Properties: 10

Objects: 256

Classes: 26

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行

# Retrieve a list of mouse chromosome classes included in MCO.

PREFIX mco:   <http://identifiers.org/mco/>
PREFIX rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT ?chromosome_class ?label
FROM <http://rdfportal.org/dataset/mco>
WHERE {
  ?chromosome_class rdfs:subClassOf mco:MouseChromosome ;
                    rdfs:label ?label .
}
ORDER BY ?chromosome_class

例 2

エンドポイントで実行

# Retrieve chromosome instances and their lengths in GRCm39.

PREFIX mco:   <http://identifiers.org/mco/>
PREFIX rdf:   <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT ?chromosome ?chromosome_class ?label ?length
WHERE {
  ?chromosome rdf:type ?chromosome_class ;
              mco:build mco:GRCm39 ;
              mco:length ?length .

  ?chromosome_class rdfs:subClassOf mco:MouseChromosome ;
                    rdfs:label ?label .
}
ORDER BY ?chromosome

例 3

エンドポイントで実行

# Compare chromosome lengths between GRCm38 and GRCm39.

PREFIX mco:   <http://identifiers.org/mco/>
PREFIX rdf:   <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT ?chromosome_class ?label
       ?grcm38_chromosome ?grcm38_length
       ?grcm39_chromosome ?grcm39_length
       (?grcm39_length - ?grcm38_length AS ?length_difference)
WHERE {
  ?chromosome_class rdfs:subClassOf mco:MouseChromosome ;
                    rdfs:label ?label .

  ?grcm38_chromosome rdf:type ?chromosome_class ;
                     mco:build mco:GRCm38 ;
                     mco:length ?grcm38_length .

  ?grcm39_chromosome rdf:type ?chromosome_class ;
                     mco:build mco:GRCm39 ;
                     mco:length ?grcm39_length .
}
ORDER BY ?chromosome_class

スキーマ図