データセット一覧

LigandBox

低分子化合物の3次元分子構造と原子荷電を提供するデータベースです。分子シュミレーションシステムmyPrestoの一部として開発され、KEGGや企業から提供された2次元の化合物データを元に、計算により3次元構造を生成しています。バーチャルスクリーニングの際のドッキング計算に使用できるようになっています。

データセット仕様

タグ
Drug/Chemical Structure
提供元 Original
登録区分 Submitted
データ提供者
  • 次世代天然物化学技術研究組合
作成者
  • 福西快文産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
  • 川端猛大阪大学 蛋白質研究所
  • 杉原裕介富士通九州システムズ
  • 酒井広太富士通九州システムズ
  • 楠戸寛日立ソリューションズ東日本
  • 三上義明日立ソリューションズ東日本
  • 真下忠彰情報数理バイオ
  • 中村春木大阪大学 蛋白質研究所
公開日 2021-05-25
ライセンス
  • Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International (CC BY-SA 4.0)
  • LigandBox © Technology Research Association for Next generation natural products chemistry licensed under CC Attribution-Share Alike 4.0 International
バージョン 2021-05-25
ダウンロード https://rdfportal.org/download/ligandbox
SPARQLエンドポイント https://rdfportal.org/primary/sparql

データセット統計

Triples
283928849
Subjects
92822893
Properties
7
Objects
120779192
Classes
20

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行
# エントリーとPDBのリンクの一覧の表示
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX PDBc: <https://rdf.wwpdb.org/cc/>
SELECT DISTINCT ?entry ?pdb_link
WHERE {
  ?entry rdfs:seeAlso ?pdb_link FILTER regex(str(?pdb_link), "rdf.wwpdb.org/cc/", "i"). 
}
LIMIT 25

例 2

エンドポイントで実行
# 分子量が1500以上のエントリーの一覧の取得
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX cheminf: <http://www.semanticweb.org/ontologies/cheminf.owl#>
SELECT DISTINCT ?entry ?molecular_weight
WHERE {
  ?entry sio:SIO_000008 _:b0 .
  _:b0 rdf:type sio:CHEMINF_000216 ;
     sio:SIO_000300 ?molecular_weight FILTER ( ?molecular_weight > 1500.0 ) .
}
LIMIT 25

例 3

エンドポイントで実行
# 分子量が500以上でかつチャージが-1のエントリーの一覧の取得
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX cheminf: <http://www.semanticweb.org/ontologies/cheminf.owl#>
SELECT DISTINCT ?entry ?molecular_weight ?molecular_charge
WHERE {
  ?entry sio:SIO_000008 _:b0 .
  _:b0 rdf:type sio:CHEMINF_000216 ;
       sio:SIO_000300 ?molecular_weight .
  ?entry sio:SIO_000008 _:b1 .
  _:b1 rdf:type sio:CHEMINF_000120 ;
       sio:SIO_000300 ?molecular_charge FILTER ( ?molecular_charge = 1 && ?molecular_weight > 500.0 )
}
LIMIT 25