データセット詳細

Metadata of JCM resources

A RDF-based meta-database of microbial strains used in various researches such as biology, environment and human health as bioresources. Microbial strains are available from Japan Collection of Microorganisms (JCM) in RIKEN BioResource Center. Please visit data browser at http://metadb.riken.jp/metadb/db/rikenbrc_jcm_microbe

データセット仕様

タグ	Organism Bioresource
提供元	Original
登録区分	Submitted
データ提供者	RIKEN
作成者	Terue TakatsukiDatabase Center for Life Science Hiroshi MasuyaRIKEN Bioresource research center Moriya OhkumaMicrobe Division, RIKEN Bioresource research center
公開日	2019-06-04
ライセンス	Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)
バージョン	2019-06-04
ダウンロード	https://rdfportal.org/download/jcm
SPARQLエンドポイント	https://rdfportal.org/primary/sparql

データセット統計

Triples: 1113740

Subjects: 259214

Properties: 36

Objects: 442635

Classes: 13

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行

#Retrieves JCM microbial strains whose growth temperature is more than 75 degree Celsius

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/10/mccv#>
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/10/mpo/>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT ?strain ?qualified_species_name ?v
FROM <https://metadb.riken.jp/metadb/db/rikenbrc_jcm_microbe>
where {
?strain a mccv:MCCV_000001 ;
       mccv:MCCV_000012 ?qualified_species_name ;
       mccv:MCCV_000073 ?cc .
    ?cc sio:SIO_000216 ?t .
    ?t a mpo:MPO_00102 ;
       sio:SIO_000300 ?v ;
       sio:SIO_000211 obo:UO_0000027
    FILTER(?v > 75)
} LIMIT 100

例 2

エンドポイントで実行

# Retrieves JCM microbial strains sampled from oral cavity.
#
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/10/mccv#>
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/10/mpo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT ?strain ?name ?sample_label
FROM <http://metadb.riken.jp/db/xsearch_jcm_brso>
where {
?strain mccv:MCCV_000024/a mccv:MCCV_000001 ;
      mccv:MCCV_000012 ?name ;
      mccv:MCCV_000028 ?sample .
    ?sample a sio:SIO_001050 .
    ?sample rdfs:label ?sample_label .
    FILTER(REGEX(?sample_label, "Oral cavity", "i"))
} LIMIT 100

スキーマ図