データセット一覧

GTDB

Genome Taxonomy Database(GTDB)は、ゲノム系統に基づいて細菌および古細菌のための標準化された分類体系を提供するリソースです。本RDFデータセットは、GTDBから配布されているデータを基にRDF Portalが独自にRDF化したものであり、分類情報および関連情報をセマンティックな形式で表現することで、ライフサイエンス分野におけるデータ統合および高度なクエリを可能にします。

データセット仕様

タグ
Taxonomy Bacteria Archaea
提供元 Third party
登録区分 Added by RDF portal
データ提供者
  • The University of Queensland
作成者
  • Shuichi Kawashimahttps://dbcls.rois.ac.jp/
公開日 2024-06-27
ライセンス
  • See licenses at https://gtdb.ecogenomic.org/licenses
バージョン 2024-06-27
ダウンロード https://rdfportal.org/download/gtdb
SPARQLエンドポイント https://rdfportal.org/primary/sparql

データセット統計

Triples
48602271
Subjects
516026
Properties
113
Objects
7800464
Classes
2

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行
# Retrieve and print the GTDB taxonomic classification for the strains corresponding to the given NCBI taxids .

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX gtdb: <http://identifiers.org/gtdb/onto/>

SELECT ?taxid ?strain ?species_label ?genus_label ?family_label ?order_label ?class_label ?phyla_label ?domain_label
WHERE {
  VALUES ?taxid {"191218" "190304"}
  ?strain gtdb:ncbi_taxid ?taxid ;
          rdfs:subClassOf ?species .
  ?species rdfs:label ?species_label ;
           rdfs:subClassOf ?genus .
  ?genus rdfs:label ?genus_label ;
         rdfs:subClassOf ?family .
  ?family rdfs:label ?family_label ;
          rdfs:subClassOf ?order .
  ?order rdfs:label ?order_label ;
         rdfs:subClassOf ?class .
  ?class rdfs:label ?class_label ;
         rdfs:subClassOf ?phyla .
  ?phyla rdfs:label ?phyla_label ;
         rdfs:subClassOf ?domain .
  ?domain rdfs:label ?domain_label .
}
LIMIT 10

スキーマ図

Schema diagram for gtdb
Schema diagram for gtdb