データセット一覧

Ensembl RDF

Ensemblは、脊椎動物および多様な真核生物を対象とした自動アノテーション付きゲノムデータベースの集合であり、関連するさまざまな生物学的データと統合されています。本RDFデータセットは、Ensemblから配布されているファイルを基にRDF Portalが独自に作成したものです。

データセット仕様

タグ
Gene Protein
提供元 Third party
登録区分 Added by RDF portal
データ提供者
  • EMBL-EBI
作成者
  • Shuya IkedaDatabase Center for Life Science
公開日 2026-02-27
ライセンス
  • http://ensembl.org/info/about/legal/disclaimer.html
バージョン 115
ダウンロード https://rdfportal.org/download/ensembl
SPARQLエンドポイント https://rdfportal.org/ebi/sparql

データセット統計

Triples
18523657272
Subjects
3820001372
Properties
28
Objects
5000274877
Classes
95

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行
# Endpoint: https://rdfportal.org/ebi/sparql
# Description: Ensembl gene and chromosome
# Parameter: ensg_taxonomy: (example: taxonomy:9606)

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX terms: <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/ensembl/>
PREFIX so: <http://purl.obolibrary.org/obo/so#>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX taxonomy: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?ensg_id ?ensg_label ?ensg_chromosome ?ensg_taxonomy
FROM <http://rdfportal.org/dataset/ensembl>
WHERE {
    VALUES ?ensg_taxonomy { taxonomy:9606 }
    ?EnsemblGene a terms:EnsemblGene ;
        dcterms:identifier ?ensg_id ;
        rdfs:label ?ensg_label ;
        so:part_of ?ensg_chromosome ;
        obo:RO_0002162 ?ensg_taxonomy .
}
LIMIT 100

スキーマ図

Schema diagram for ensembl
Schema diagram for ensembl