データセット詳細

BioSample RDF

BioSample RDF developed by DBCLS and distributed by DDBJ

データセット仕様

タグ
提供元	Third party
登録区分	Submitted
データ提供者	Bioinformation and DDBJ Center
作成者	Tazro OhtaDatabase Center for Life Science Shuya IkedaDatabase Center for Life Science Shuichi KawashimaDatabase Center for Life Science Takatomo FujisawaBioinformation and DDBJ Center
公開日	2020-09-03
ライセンス	Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)
バージョン	20200903
ダウンロード	https://rdfportal.org/download/biosample
SPARQLエンドポイント	https://rdfportal.org/ebi/sparql

データセット統計

Triples: 175594873

Subjects: 13204740

Properties: 13

Objects: 96750327

Classes: 5

SPARQLクエリ例

例 1

エンドポイントで実行

# Endpoint: http://virtuoso:8890/sparql
# Description: Get original sample attributes

PREFIX biosample_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/biosample/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX dra_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/dra/>
PREFIX schema: <http://schema.org/>

SELECT ?BioSample ?sra_run ?sample_attribute
WHERE {
    ?BioSample a biosample_ont:BioSampleRecord ;
        rdfs:seeAlso ?sra_run .
    ?sra_run a dra_ont:Run .
    OPTIONAL {
        ?BioSample schema:additionalProperty ?sample_attribute .
        ?sample_attribute a schema:PropertyValue .
    }
}
LIMIT 100

例 2

エンドポイントで実行

# Endpoint: http://virtuoso:8890/sparql
# Description: Get ontology annotated sample attributes

PREFIX biosample_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/biosample/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX dra_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/dra/>
PREFIX schema: <http://schema.org/>

SELECT ?BioSample ?sra_run ?sample_attribute
WHERE {
    ?BioSample a biosample_ont:BioSampleRecord ;
        rdfs:seeAlso ?sra_run .
    ?sra_run a dra_ont:Run .
    OPTIONAL {
        ?BioSample schema:additionalProperty ?sample_attribute .
        ?sample_attribute a schema:PropertyValue .
    }
}
LIMIT 100

例 3

エンドポイントで実行

# Endpoint: http://virtuoso:8890/sparql
# Description: Get related SRA data objects

PREFIX biosample_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/biosample/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX dra_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/dra/>
PREFIX bioproject_ont: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/bioproject/>

SELECT ?BioSample ?sra_study ?sra_experiment ?sra_accession ?sra_sample ?sra_run ?bioproject
WHERE {
    ?BioSample a biosample_ont:BioSampleRecord ;
        rdfs:seeAlso ?sra_study ;
        rdfs:seeAlso ?sra_experiment ;
        rdfs:seeAlso ?sra_accession ;
        rdfs:seeAlso ?sra_sample ;
        rdfs:seeAlso ?sra_run ;
        rdfs:seeAlso ?bioproject .
    ?sra_study a dra_ont:Study .
    ?sra_experiment a dra_ont:Experiment .
    ?sra_accession a dra_ont:Accession .
    ?sra_sample a dra_ont:Sample .
    ?sra_run a dra_ont:Run .
    ?bioproject a bioproject_ont:BioProjectRecord .
}
LIMIT 100

スキーマ図