お知らせ

新規データセット: fanta.bio (Version 1.2.1)

RDF Portalでfanta.bio RDFを公開しました。fanta.bio(Functional genome ANnotations with Transcriptional Activities)は、プロモーターやエンハンサーなどのシス制御領域(CRE)を中心としたゲノム機能アノテーションを提供し、遺伝子発現制御の研究を支援するデータベースです。

fanta.bioは、FANTOM5およびFANTOM6プロジェクトのデータを含む、公開されたCAGE(Cap Analysis of Gene Expression)データを用いてシス制御領域を同定し、そのゲノム上の位置と、多様な細胞・組織における転写活性を提供しています。さらに、ChIP-Atlas由来の転写因子結合部位や、TogoVar由来のヒトのゲノム変異、MoG+由来のマウスのゲノム変異の情報を統合し、制御領域、転写活性、遺伝的変異の関係を調べることができます。

RDF化により、SPARQLによる検索や、RDF Portal内の他のライフサイエンスデータセットとの統合的な利用が可能になります。

詳細については、fanta.bioのウェブサイトおよびfanta.bioの論文をご参照ください。